吉林农业大学保卫部（处）是在学校党委、行政领导下，在国家公安机关、国家安全机关等上级专业部门的业务指导下，依据国家有关法律法规和学校规章制度，开展安全保卫工作的职能部门。吉林农业大学保卫部（处）下设治安科、防火科、综合科、校园110报警中心、校卫队。除上述机构外，学校社会治安综合治理办公室、安全生产领导小组办公室、国家安全人民防线建设小组办公室、扫黑除恶专项斗争工作领导小组办公室、防火专项工作领导小组办公室等机构也设在保卫部（处），与保卫部（处）合署办公。

 保卫部（处）工作以维护学校政治稳定为中心；以治安防范为重点；以服务教学、科研，服务师生员工为宗旨；以确保学校安全稳定为目标。坚持“以防为主，打防结合”和“专群结合，群防群治”的工作方针，积极开展校园治安、消防、交通、政保等安全保卫工作，预防、控制和减少校园违法犯罪活动和安全事故的发生，维护学校正常的教学、科研工作和生活秩序，保护学校公共财产和师生的人身财产安全，努力创造安全文明的校园环境。